Elle accompagne notamment la conversion à l'agriculture biologique. L’agence soutient également les agriculteurs dans leurs projets d’économie d’eau pour agir en faveur de la sobriété en eau. Elle aide les projets de filières favorables aux ressources en eau et à la biodiversité, et l'animation de groupes d'agriculteurs en transition vers l'agro-écologie. De plus, elle soutient des projets expérimentaux pour réduire significativement l’utilisation des intrants et les prélèvements en eau. Ces actions contribuent à la restauration de la qualité des eaux, à la préservation de la biodiversité et à l'adaptation au changement climatique.