Elle cible en priorité les actions identifiées par le programme de mesures du SDAGE pour améliorer l'état des milieux, en accompagnant les travaux de réduction de la pollution à la source. Les industriels et acteurs économiques sont également accompagnés dans leurs projets d’économie d’eau pour agir en faveur de la sobriété en eau.
L'agence soutient également des initiatives collectives pour réduire les émissions dispersées de micropolluants, mais aussi les économies d’eau, au sein de filières professionnelles, tout en soutenant la recherche et le développement de solutions innovantes pour une meilleure gestion des pollutions et une réduction des consommations d’eau.