Elle encourage la création de structures de concertation multi-partenariales et l'émergence de maîtrises d'ouvrage locales pour répondre aux enjeux des bassins versants. De plus, l'agence soutient les "têtes de réseau" qui facilitent la mise en relation et le partage de ressources entre les acteurs. En milieu rural, elle accompagne les services d'assistance technique pour améliorer les infrastructures d'eau et d'assainissement. Enfin, l'agence promeut la participation citoyenne et la concertation pour enrichir les projets liés à l'eau, en permettant aux citoyens de s'impliquer activement dans leur élaboration et leur mise en œuvre.