Cette forme de pollution se produit lorsqu'un milieu aquatique reçoit trop de nutriments (phosphore, azote…). Des algues s'en nourrissent alors abondamment. Elles prolifèrent, entraînait une désoxygénation la nuit qui peut être fatale aux poissons. Par ailleurs, l'eau devient trouble, la baignade dangereuse, la pêche difficile. La production d'eau potable devient difficile et coûteuse. Ce phénomène est aggravé dans les milieux à renouvellement lent (plans d'eau, lagunes littorales et cours d'eau lents) et dégradés physiquement (berges ou rives « bétonnées », zones humides disparues).