Les plans d’eau se distinguent des cours d’eau par la stagnation et la stratification de leurs eaux. En fonction des saisons, le vent, la température et les courants jouent un rôle prépondérant sur la biologie des communautés animales et végétales. Le cycle de la biosynthèse et de la biodégradation s’effectue dans la dimension verticale et non pas d’amont en aval.