La loi du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages permet d’élargir les missions des agences de l’eau à la protection et à la préservation de toute la biodiversité.
C’est un nouveau défi et une reconnaissance du savoir-faire des agences de l'eau dans le soutien aux actions de restauration des milieux aquatiques. En protégeant les rivières, les zones humides, les lacs, les sites marins et côtiers… les agences de l’eau préservent en effet les habitats de nombreuses espèces.
C’est une reconnaissance également du dispositif solide et reconnu des agences de l’eau et de leur capacité à nouer des partenariats territoriaux avec des acteurs très divers (collectivités, gestionnaires d’espaces naturels, associations, agriculteurs, …).